使用生物顯微鏡的過程是非常復雜和嚴謹的，這個過程中任何一個環節出現問題都有可能影響后的質量，所以在使用生物顯微鏡之前的準備工作要做充分了。

使用環境：

生物顯微鏡的工作場所應當清潔、干燥、無震動、無腐蝕性氣體存在。

工作習慣：

(1)臺面和凳子的高度要適當。

(2)使用單目顯微鏡需兩眼交替觀察，并同時睜開，如覺得不習慣可在鏡旁放一張黑紙經過訓練養成習慣，不需黑紙亦可兩眼交替睜開觀察。

(3)為了保護經常做實驗的使用者的眼睛，觀察時須對準遠點，方法如下:

①用普通方法觀察物體，然后旋轉手輪使物鏡靠近物體，此時觀察為模糊物像。

②觀察者離開目鏡，使眼睛向外的物體觀察。　　

③利用上一個步驟這種觀察的感覺，再從目鏡觀察并緩緩地用微動物輪提高位置在物像初步清晰時就是遠點，此時眼睛視力調節功能松弛，眼睛不易疲倦。　

(4)視場照明強度，要根據觀察者需要而調整。